Nach der letzten Schlacht wird Apollo gegen seinen Willen in das Hauptquartier der DEAVA gebracht, der Organisation, die die Schattenengel mit Aquarion konfrontieren soll. Während sie sich fragen, ob Apollo tatsächlich die Reinkarnation von Apollonius ist, werden die Mitglieder der DEAVA vom Heiligen Engel Toma, einem der Schattenengel, angegriffen, der ebenfalls überprüfen will, ob es wahr ist.