Officer Matsuda wird in dieselbe Polizeisektion wie Kommissar Sato versetzt. Vorher arbeitete er für das Bombenentschärfungskommando. Während eines Einsatzes wurde sein Kollege und bester Freund in die Luft gejagt. Nun geht im Präsidium wieder ein Fax ein, welches gleich eine Serie von Bombenanschlägen ankündigt. Der Text der Bombendrohung enthält ein Rätsel, so dass die Polizei sowie Conan und seine Freunde den Ort der ersten Bombe lokalisieren können. Doch die Zeit drängt, da eine zweite Detonation nur wenig später folgen soll: Nur wo? Conan hat eine gewagte Theorie…