Auf der Erde herrscht Krieg: Als "Engel" bezeichnete Kreaturen drohen, die gesamte Menschheit zu vernichten. Die einzige Hoffnung auf eine Wende in dem ungleichen Kampf sind die Technologien, die die Organisation NERV in einer unterirdischen Festung entwickelt. Zu dieser Organisation gehört auch der Vater des jungen Shinji Ikari, der jetzt auf die Hilfe seines Sohnes angewiesen ist.