Der Krieg gegen die sogenannten Engel, die die Menschheit vernichten wollen, geht weiter. Der junge Shinji, Sohn des Leiters der UN-Geheimorganisation NERV, gehört zu jenen, die gegen die mächtigen Wesen kämpfen. Doch jetzt steht das Hauptquartier von NERV unter Beschuss.